É o início do século 20 em um universo alternativo: uma alquimia que existe. Alquimia, a ciência de atuar sobre a estrutura básica do mundo, quebrando as coisas e, em seguida, remodelando-os, conforme desejado. Quase tudo é possível para um alquimista ... desde o alquimista está disposta a pagar o preço.
Edward Elric é apenas como um alquimista. Enquanto ele e seu irmão Alphonse tentam trazer de volta seu saudoso mãe, um acidente ocorre. Ed perde sua perna, e Al ... sua vida! Felizmente, Ed capta a alma de seu irmão e compromete-se em um terno de armadura enorme ... à custa do seu braço.
O tempo passa. Ed (agora possuindo membros protéticos metal) ganha notoriedade por suas habilidades de alquimia, ganhando o apelido de "Fullmetal Alchemist". Agora, ele e Al (ainda contidas nessa armadura) viagem pelo mundo em busca da Pedra Filosofal fábula, o artefato Ed acredita que pode ajudá-lo a desfazer o estrago feito em cima deles e restaurar uma vida plena e feliz para os dois irmãos.
