Diferente do primeiro anime a historia do mangá não tem nenhuma ligação em nosso mundo sendo ela apenas ordem dos acontecimentos, e claro, com diferenças da cronologia acima, porém elas só começam como grandes mudanças a partir de 1915. Essa cronologia serve tanto para o mangá quanto para a segunda versão do anime intitulada Fullmetal Alchesmist: Broterhood.

Acontecimentos antes da série:

* Von Hohenheim e "Pai dos Homunculus" se tornam pedras filosofais sobre as vidas de Xerxes.
* Pai dos Homúnculos cria nesta ordem Orgulho (Pride), Luxúria (Lust), Ganância (Greed), Inveja (Envy), Preguiça (Sloth), Gula (Gluttony) e Ira (Wrath).

Ganância (Greed) se rebela e foge.

1901:

* Começa a Guerra de Ishval.

1905:

* Primeira tentativa com exito de Alquimia dos irmãos Elric.

1906:

* Trisha Elric falece.
* Os irmãos Elric vão aprender alquimia com Izumi Curtis.

1907:

* Começam a usar Alquimistas federais na guerra de Ishbal.

1908:

* Fim da guerra de Ishval.

1910:

* Fevereiro:Os irmãos Elric tentam ressuscitar sua mãe.
* meses se passam até Ed se recuperar dos Automails.

1911:

* 13 de Outubro:Os irmãos Elric põem fogo em sua casa e vão para a cidade central.
* Teste para Alquimista Federal.
* Começam anos de viagem.

1914:

* Viagem a Youswell.
* Incidente terrorista em um trem e resgate de general Hakuro.
* Os irmãos Elric se hospedam na casa de Shou Tucker.
* Shou Tucker transmuta a filha (Nina Tucker) e o cachorro (Alexander) em uma quimera falante.
* Scar mata Shou Tucker e sua quimera.
* Primeiro ataque de Scar aos irmãos Elric.
* Os irmãos Elric conhecem Tim Marcoh.
* Os irmão Elric decifram os documentos de Tim Marcoh.
* Invasão e destruição do 5º laboratório.

1915:

* Yoki torna-se integrante do bando de Scar.
* Morte de Maes Hughes.
* Aparição de Izumi Curtis.
* Extermínio do bando de Greed.
* Barry o Açougueiro torna-se subordinado de Roy Mustang.
* Aparecimento de Ling Yao, Ran Fan e senhor Fu.
* Prisão de Maria Ross.
* Suposta morte de Maria Ross.
* Invasão ao covil dos Homunculus.
* Morte de Lust e de Barry o Açougueiro.
* Jean Havoc sai do exército por incapacidade nas pernas.
* Edward Elric encontra Maria Ross nas ruínas de Xerxes.
* Tim Marcoh é capturado pelos homúnculos.
* Aparição de Von Hohenheim.
* Descoberta de que a mente dos irmãos se cruzou durante a viagem a porta.
* Mei Chang se une ao bando de Scar.
* 2º ataque de Scar aos irmãos Elric.
* Captura de Gluttony.
* Gluttony acidentalmente engole Envy, Ling Yao, e Edward Elric.
* Envy mostra sua verdadeira forma contra Edward Elric e Ling Yao.
* Edward Elric abre a porta mais uma vez.
* Aparição do Pai dos Homunculus.
* Ling Yao se torna o novo recipiente de Greed.
* Tim Marcoh entra para o bando de Scar.
* Winry Rockbell se torna refém dos Homunculus.
* Zolf J. Kimbley é libertado.
* Os irmãos Elric vão para Briggs e conhecem a irmã de Alex Louis Armstrong, Olivier Milla Armstrong.
* Luta de Scar contra Zolf J. Kimbley.
* Aparição e captura de Sloth.
* Descoberta de um círculo de Transmutação embaixo de Ametris, e que a própria foi criada pelo Pai dos Homunculus.
* Libertação de Sloth.
* Winry Rockbell é levada ao norte.
* Aparição de Pride.
* O bando de Scar e os irmãos Elric unem forças.
* Zanpano e Gelso se juntam ao bando de Scar.
* Ed luta contra Zolf J. Kimblee, mas é derrotado.
* Darius e Heinkel, duas qimeras a comando de Kimblee, se rebelam e se juntam a Ed.
* Olivine Milla Armstrong se torna espiã entre os generais de exército.
* Descoberta do círculo de transmutação que desfaz a pedra filosofal.
* Tim Marcoh derrota Envy.
* Alphonse Elric, Winry Rockbell e o bando de Scar vão para Lior.
* Reaparição de Von Hohenheim na história.
* Greed se rebela, luta conta Wrath, foge e se junta ao bando de Ed.
* Chega o "Dia da Promessa".
* O trem onde está King Bradley é destruído causando seu desaparecimento.
* Ataque de Roy Mustang para salvar a esposa do Führer.
* Hohenheim e os irmãos Elric lutam contra Pride.
* Pride e Alphonse Elric são aprisionados em uma cúpula de pedras.
* Greed vai para central atrás do Pai.
* Os soldados de Briggs reaparecem atacando o exército por dentro.
* Kimbley liberta Pride.
* Ed, Scar, Darius, Zampano e Jerso lutam com os soldados artificiais do exército.
* Pai dos Homunculus e Von Hohenheim se encontram.
* Alphonse Elric luta contra Zolf J. Kimblee e Pride usando a Pedra Filosofal.
* Olivine Milla Armstrong e Alex Louis Armstrong começa a lutar com Sloth.
* Zolf J. Kimblee é mordido no pescoço por Heinkel e fica à beira da morte. Depois Kimblee é absorvido por Pride.
* Roy Mustang luta e derrota Envy
* Scar e Edward Elric salvam Envy da morte.
* Envy suicida-se,por se sentir humilhado e sentir inveja dos humanos.
* Izumi Curtis junta-se a luta.
* Morre Sloth pelas mãos de Alex Louis Armstrong e Sieg Curtis
* Wrath reaparece
* Greed e Wrath começam a lutar.
* Morte de Buccaner e Sr. Fuu.
* Ed, Scar, Mustang e Hawkeye encontram o Alquimista criador do Führer, e lutam contra os antigos candidatos a Führer.
* Depois de engolidos pela criatura do Portal, Edward Elric, Alphonse Elric e Izumi Curtis são levados ao Pai.
* Von Hohenheim é engolido pelo Pai.
* Roy Mustang e Von Hohenheim se tornam o último sacrifício humano.
* Roy Mustang fica cego devido ao pedágio que é exigido no portal.
* Wrath e Scar começam a lutar.
* Alphonse Elric se encontra com seu corpo dentro do portal mas o deixa devido o mesmo estar fraco, impossibilitado de lutar.
* Scar mostra o verdadeiro potêncial de sua força na luta contra Wrath, pois também consegue realizar transmutação.
* Com o ritual do sacrifício, o Pai adquire uma nova forma ao absorver Deus.
* Pai luta contra Hohenheim. Hohenheim revela o seu plano secreto, que impediu o Pai de absorver completamente as almas da população de Amestris.
* Scar ganha a luta contra Wrath. É revelado que foi o irmão do Scar quem descobriu como deter a absorção das almas
* Edward Elric ganha luta contra Pride. Pride regride a sua verdadeira forma (um minúsculo bebê)
* Pai começa a criar humanos a partir do seu corpo com a aparência da população de Xerxes???
* Alphonse Elric sacrifica-se para que Ed recupere o corpo. Al retorna ao seu corpo em frente ao portal.
* Edward Elric começa a ganhar a luta do Pai.
* Pai absorve Greed
* Pai sofre um auto-colapso, se auto absorvendo. Em frente ao portal da verdade, Deus aprisiona o Pai dentro do portal da verdade
* Edward Elric ganha luta contra Pai.
* Edward Elric faz um auto sacrifício. Na frente do portal, Ed conversa com a "Verdade" e oferece a sua alquimia em troca de Al. Desta forma, Ed não consegue mais fazer alquimia, mas com isso obtém o verdadeiro conhecimento, e supera a "Verdade"
* Von Hohenheim morre em frente ao túmulo de Trisha Elric.
* Al e Ed retornam para a casa e encontram Winry.
* Marcoh promete dar uma pedra filosofal para Mustang, caso ele prometa ajudar Ishval. Mustang concorda.
* Ling vira imperador de Xing, jurando proteger todos os outros clans.

1917:

* Al começa uma nova jornada, desejando aprender a alquimia de Xing, junto com as quimeras.
* Ed admite que ama Winry.
* Ed parte em direção ao oeste de trem.

Mais alguns anos depois:

É mostrado algumas imagens, em uma delas mostra Mustang como general, em outra Ed e Winry segurando um bebê cada, na mesma foto tem o Alphonse e May, aparentemente estão juntos também, é mostrada também uma com o túmulo de Hoenheim ao lado do de Trisha.